IN-SILICO ПОДБОР ФЕРМЕНТОВ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ БАКТЕРИЙ РОДА КАМПИЛОБАКТЕР, ВЫДЕЛЕННЫХ У ПТИЦ
Аннотация
В статье изложены современные представления о генотипировании патогенов бактериальной природы как элемента в превентивной ветеринарии. Идентификация бактериальных штаммов позволяет эффективно выявлять пути распространения инфекции и находить источники патогена во внешней среде. Эти знания дают возможность прервать эпизоотическую цепь и не допустить распространения инфекции. Рассматриваются вопросы различных методов генотипирования. их преимущества и недостатки. Представлены ранее полученные авторами результаты по генотипированию отдельных видов микроорганизмов, подробно рассмотрены методические детали предлагаемого метода генотипирования бактерий, основанного на идее двойного расщепления и избирательного мечения фрагментов ДНК (ДРИМ). Использование баз данных секвенированных геномов бактерий и компьютерных программ, позволяющих теоретически моделировать расщепление геномной ДНК эндонуклеазами рестрикции, позволяет предложить подход к генотипированию бактерий рода Campylobacter по аналогии, как это было сделано ранее при генотипировании бактерий группы кишечной палочки, сальмонелл и псевдомонад. Предлагаемый метод основан на использовании одновременно двух эндонуклеаз рестрикции, одна из которых производит 3'-усеченные концы фрагментов ДНК патогена, способные включать меченый дезоксинуклеозидтрифосфат, и фермента, производящего 3'- выступающие либо тупые концы, не способные к включению метки. В конечном итоге будет детектироваться 20-50 четко различимых меченых фрагментов ДНК, число и распределение которых характерно для каждого бактериального штамма. Онлайн-сервис позволяет смоделировать расщепление для быстрого выбора эндонуклеаз, которые можно рекомендовать для генотипирования бактерий рода Campylobacter.
Полный текст только в pdf
Список литературы
Porin A.A. Vozbuditeli kampilobakteriozov [Causative agents of campylobacteriosis] /A.A. Porin // Russian Journal of Infection and Imminity. – 2016. – V. 6. – No 3. – P. 94. [in Russian]
Tapalsky D.V. Fenotipicheskoe i molekulyarno-geneticheskoe tipirovanie sal`monell: realii i perspektivy [Phenotypical and molecular-genetic typing of salmonellae: reality and prospects] / D.V. Tapalsky, V.A. Osipov, S.V. Zhavoronok // Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. – 2005. – No 6. – P. 88-93. [in Russian]
Terletskiy V.P. Effektivnyj molekulyarno-geneticheskij metod identifikaczii shtammov salmonell i proteya [The efficient molecular genetic technique for identification of Salmonella and Proteus strains] / V.P. Terletskiy, V.I. Tyshchenko, O.B. Novikova, A.N. Borisenkova, D.E. Belash, A.F. Yakovlev // Russian Agricultural Sciences. – 2013. – No 5. – P. 60-63. [in Russian]
Behringer M. Typing of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli isolated from live broilers and retail broiler meat by flaA-RFLP, MLST, PFGE and REP-PCR / M. Behringer, W.G. Miller, O.A. Oyarzabal // J. Microbiol. Methods. – 2011. – V. 84. – No 2. – P. 194–201. doi: 10.1016/j.mimet.2010.11.016.
Bikandi J. In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and endonuclease restriction / J.Bikandi, R.San Millán, A. Rementeria, J. Garaizar // Bioinformatics. – 2004. – V. 22. – P. 798-799.
Fakhr, M.K. Multilocus sequence typing lacks the discriminatory ability of pulsed-field gel electrophoresis for typing Salmonella enterica serovar Typhimurium / M.K. Fakhr, L.K. Nolan, C.M. Logue // J. Clin. Microbiol. – 2005. – V. 43. – P. 2215-2219.
Gibson J.R. Comparison of PFGE, ribotyping and phage-typing in the epidemiological analysis of Campylobacter jejuni serotype HS2 infections / J.R. Gibson, C. Fitzgerald, R.J. Owen // Epidemiol. Infect. – 1995. – V. 115. – No 2. – P. 215-225.
Lartigue M.F. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry for bacterial strain characterization / M.F. Lartigue // Infect. Genet. Evol. – 2013. – V. 13. – P. 230-235.
Meisel S. J. Raman Spectroscopy as a Potential Tool for Detection of Brucella spp. in Milk / S. Meisel, S. Stöckel, M. Elschner, F. Melzer, P. Rösch, J. Poppa // Appl. Environ. Microbiol. – 2012. – V. 78. – No16. – P. 5575-5583.
Minharro, S. Biotyping and genotyping (MLVA16) of Brucella abortus isolated from cattle in Brazil, 1977 to 2008 / S. Minharro J.P. Silva, E.M. Dorneles, R.B. Pauletti, H. Neubauer, F. Melzer, F.P. Poester, M.G. Dasso, E.S. Pinheiro, P.M. Soares, R.L. Santos, M. Heinemann A.P. Lage // PLoS ONE. – 2013. – V.8. – No12: e81152. doi:10.1371/journal.pone.0081152.