ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ДНК-ТИПИРОВАНИЯ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ШТАММОВ, ИНФИЦИРУЮЩИХ ЖИВОТНЫХ

Научная статья
DOI:
https://doi.org/10.23649/jae.2019.1.9.9
Выпуск: № 1 (9), 2019
Опубликована:
29.04.2019
PDF

Аннотация

Типирование важного патогена, золотистого стафилококка, позволяет проводить эпидемиологические исследования как в условиях клиник, так и вне медицинских учреждений. Пульс-гель электрофорез (ПГЭ) является «золотым стандартом» типирования этого вида бактерий в краткосрочных эпидемиологических исследованиях. Тем не менее, ПГЭ требует наличия специального оборудования и выполняется в течение длительного времени. Эта статья демонстрирует потенциал нового метода типирования (двойное расщепление и избирательное мечение –ДРИМ) в качестве быстрой и чувствительной альтернативы ПГЭ для типирования изолятов Staphylococcusaureus. В новом методе большие фрагменты ДНК получают с помощью фермента рестрикции, обычно используемого для ПГЭ, но, одновременно, расщепляют вторым ферментом до размера, который можно разделить в обычном агарозном геле в течение короткого периода времени. Избирательное мечение части из множества рестрикционных фрагментов дает четкую картину для каждого изолята. Преимуществами ДРИМ-типирования являются его скорость анализа (один день) и возможность большей дискриминации между изолятами, чем это может быть достигнуто с помощью ПГЭ-типирования. Онлайн-сервис, позволяет смоделировать расщепление для быстрого выбора эндонуклеаз, используемых в генотипировании.

Полный текст только в pdf

Список литературы

  • Ross T.L. Comparison of an automated repetitive sequence-based PCR microbial typing system to pulsed-field gel electrophoresis for analysis of outbreaks of methicillin-resistant Staphylococcus aureus / T.L. Ross, W.G. Merz, M. Farkosh and others // J. Clin. Microbiol. – 2005. – Vol. 43. – P. 5642–5647.

  • Blanc D.S. The use of molecular typing for epidemiological surveillance and investigation of endemic nosocomial infections / D.S. Blanc // Infect. Genet. Evol. –2004. – Vol. 4. – P. 193–197.

  • Strandén, A., R. Frei, A.F. Widmer. Molecular typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: can PCR replace pulsed-field gel electrophoresis? / A. Strandén, R. Frei, A.F. Widmer // J. Clin. Microbiol. – 2003. – Vol. 41. – P. 3181–3186.

  • Trindade P.A. Molecular techniques for MRSA typing: current issues and perspectives / Trindade, P.A., J.A. McCulloh,

  • G.A. Oliveira and others // Braz. J. Infect. Dis. – 2003. – Vol. 7. – P. 32–43.

  • Mitani N. Molecular typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by PCR-RFLP and its usefulness in an Epidemiological study of an outbreak / N. Mitani, A. Koizumi, R. Sano and others // Jpn. J. Infect. Dis. – 2005. –Vol. 58. – P. 250–252.

  • Koort J.M.K. Technical improvement to prevent DNA degradation of enteric pathogens in pulsed-field gel electrophoresis

  • / J.M.K. Koort, S. Lukinmaa, M. Rantala and others // J. Clin. Microbiol. – 2002. – Vol. 40. – P. 3497–3498.

  • Fakhr M.K. Multilocus sequence typing lacks the discriminatory ability of pulsed-field gel electrophoresis for typing Salmonella enterica serovar Typhimurium / M.K. Fakhr, L.K. Nolan, C.M. Logue // J. Clin. Microbiol. – 2005. – Vol. 43. – P. 2215–2219.

  • Foxman B. Choosing an appropriate bacterial typing technique for epidemiological studies / B. Foxman, L. Zhang, J.S. Koopman and others // Epidemiol. Perspect. Innov. – 2005. –Vol. 2. – P.10-17.

  • Terletski V.P. Subtracted restriction fingerprinting – a tool for bacterial genome typing / V.P. Terletski, S. Schwarz, J. Carnwath and others // BioTechniques. – 2003. – Vol. 34. – P. 304–313.

  • Strommenger B. Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains from pet animals and their relationship to human isolates / B. Strommenger, C. Kehrenberg, C. Kettlitz and others // J. Antimicrob. Chemother. – 2006. – Vol. 57. – P. 461–465.

  • Bikandi J. In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and endonuclease restriction / J. Bikandi,

  • R. San Millán, A. Rementeria and others // Bioinformatics. – 2004. – Vol. 22. – P. 798–799.

  • Lange K. Molecular subtyping of Staphylococcus aureus isolates from cases of bovine mastitis in Brazil / K. Lange, M. Cardoso, D. Senczek, S. Schwarz // Vet. Microbiol. 1999. – Vol. 67. – P. 127–141.